Estoy un poco corto de tiempo, de todos modos te dejo un listado con las mejores Tiendas online OpenSource gratis. Espero que te interesen.

1. PrestaShop (PHP / MySQL).
2. Magento (PHP / MySQL).
3. osCommerce (PHP / MySQL)
4. dashCommerce (ASP.NET y MSSQL 2005)
5. Ubercart (Drupal)
6. Wordpress E-commerce Plugin (Wordpress)
7. VirtueMart (Joomla y Mambo).
8. OXID eSales (PHP / MySQL)
9. Freeway (PHP / MySQL)
10. simpleCart(JS) (Javascript)
11. Digistore (PHP / MySQL)
12. OpenCart (PHP / MySQL)
13. zenCart (PHP / MySQL)